En 1220, Gengis Khan avait décidé d’établir son camp de base sur la rive gauche du fleuve Orkhon à Karakorum, y laissant femmes et administration centrale durant ses campagnes militaires.
Karakorum deviendra rapidement le centre économique, politique et culturel de la Mongolie, cité prospère située sur la route de la soie, carrefour des cultures et des peuples. Son rayonnement durera une quarantaine d’années, jusqu’à ce que Kubilai Khan, l’un des petit-fils de Gengis Khan, ne décide de fonder la nouvelle capitale de l’empire à Khanbalik, à l’endroit de l’actuelle Beijing.
Le déclin de Karakorum commença dès lors et en 1338 la ville fut entièrement détruite. Il ne reste malheureusement que très peu de traces de la capitale mongole du XIIIème siècle. Les fouilles archéologiques entreprises n’ont mis à jour qu’une infime portion de la ville : sur les 4 tortues qui supportaient les stèles de la ville, trois ont été retrouvées, deux d’entre elles se trouvent encore dans l’actuelle Karakorum (à l’extérieur de l’enceinte du monastère d’Erdene Zuu et sur les collines avoisinantes la ville).
Des pourparlers sont en cours depuis des années pour faire de la cité la capitale de Mongolie, mais vu l’état actuel de la petite ville et le travail titanesque qu’il faudrait fournir, ce projet est pour le moment resté lettre morte. La ville s’apparente plus à une grosse bourgade de campagne et est surtout attrayante grâce au monastère d’Erdene Zuu et au nouveau musée archéologique construit avec l’aide des japonais.